يقسم العمل التنظيمي في الاتحاد حسب الهيكل التنظيمي المعتمد من خلال النظام الداخلي على الشكل التالي ( من الأدنى إلى الأعلى) :
1-الوحدة
2- الرابطة
3- الفرع
4- الاتحاد
5- المجلس المركزي.
2- الرابطة
3- الفرع
4- الاتحاد
5- المجلس المركزي.
ويمثل شبيبة جرمانا في قيادة رابطة الغوطة الشرقية الرفيق غياث عزام نائب أمين الرابطة رئيس لجنة التنظيم.
وتضم مدينة جرمانا وحدتين سكنيتين (وحدات أحياء) تضم الرفاق من خارج الوحدات الطلابية ممن انهوا الدراسة الثانوية أو يتابعون دراستهم خارج مدينة جرمانا.
وحدة جرمانا السكنية الأولى:
(تأخذ الأعضاء بحسب الترتيب الأبجدي من أ حتى غ )
| أمين الوحدة | ربيع منذر |
| رئيس لجنة التنظيم نائب أمين الوحدة | سناء الجوماني |
| رئيس لجنة الإعداد والثقافة | حنة رضوان |
| رئيس لجنة الإعلام والمعلوماتية | أمير عزام |
| رئيس لجنة الفنون والسياحة | عامر ياغي |
| رئيس لجنة التربية والرياضة | عروة البيطار |
| رئيس لجنة التنمية والعمل التطوعي | دينا ترجمان |
وحدة جرمانا السكنية الثانية:
(تأخذ الأعضاء بحسب الترتيب الأبجدي من غ حتى ي )
| أمين الوحدة | فؤاد الغجري |
| رئيس لجنة التنظيم نائب أمين الوحدة | نوار عزام |
| رئيس لجنة الإعداد والثقافة | وصال الإمام |
| رئيس لجنة الإعلام والمعلوماتية | فردوس أبو حميت |
| رئيس لجنة الفنون والسياحة | فايز رواند |
| رئيس لجنة التربية والرياضة | فريد دبوس |
| رئيس لجنة التنمية والعمل التطوعي | نديم أبو عقل |
كما تضم مدينة جرمانا خمسة وحدات طلابية (مدارس ثانوية) هي:
وحدة الشهيد زاهي السمين
وحدة الشهيد هيثم عبد السلام
وحدة الشهيد فايز محمود
وحدة الشهيد نزيه القطان
وحدة الشهيد هايل مرشد
وتحوي مدينة جرمانا كذلك أربع وحدات نشاط طلابي (حلقة ثانية)
